随着流式细胞仪的不断发展及荧光染料的多样化，为进行多色流式提供了更多可能性，其优势包括同时检测单细胞上的多个标记物、收集丰富的细胞实验数据以及更加精确鉴别细胞群。同时，所需样本体积少、样本检测通量高，使流式细胞实验的效率明显提升，但检测更多抗原和荧光染料使多色流式配色更加复杂，在设计流式配色方案时，需重点关注如下要素：
仪器配置：在流式配色之前，务必了解您的仪器配置（激光器，滤光片）；
染料亮度：不同染料之间荧光亮度不同，可通过染色指数进行对比，染色指数越高，亮度越高；
抗原表达与染料搭配：弱表达抗原搭配较亮荧光染料，强表达抗原可搭配较弱荧光染料；
光谱重叠尽量小：不同通道荧光染料搭配时，选择发射光谱重叠尽量小的染料；
荧光干扰：荧光互相干扰的荧光染料用来标记不同细胞，然后对其分别设门分析；
细胞活性检测染料：流式多色方案中应包含细胞活性检测染料，排除死细胞和细胞碎片。